Wersje systemu

System e-Faktura w zależności od modelu jego wykorzystania pozwala na użytkowanie bardzo prostego interfejsu (Lite) jedynie do podpisywania faktur elektronicznych oraz wersji (Standard) zawierającej zintegrowane środowisko dystrybucji faktur i dokumentów elektronicznych. System w wersji standard składa się z:

Portalu transakcyjnego

System e-Faktura jest rozwiązaniem stworzonym w technologii przeglądarkowej (ang. thin-client). Umożliwia zatem dostęp i obsługę panelu Wystawcy jak i Odbiorcy faktur elektronicznych poprzez dowolną przeglądarkę WWW.
Portal transakcyjny ze względów bezpieczeństwa nie przechowuje faktur elektronicznych jedynie referencje do plików które znajdują się na odrębnym serwerze służącym jako archiwum dokumentów elektronicznych (e-faktur).
Dostęp do systemu odbywa się w trybie on-line umożliwiając między innymi:

• automatyczne tworzenie kont Odbiorców faktur
• automatyczną dystrybucję faktur na konta Klientów jak i dystrybucję emailową
• przeglądanie i zarządzani listą Klientów
• możliwość zakładania kont Klientów jak i dodatkowych kont dla Wystawcy
• nadawanie uprawnień 
• generowanie raportów 

Archiwum elektronicznego

E-faktury muszą być przechowywane przez wystawcę i odbiorcę w sposób umożliwiający natychmiastowy i ciągły dostęp do nich organów podatkowych lub organów kontroli skarbowej. Przede wszystkim muszą one mieć możliwość ich wydrukowania. 
E-faktury powinny być przechowywane w formie elektronicznej, w formacie, w którym zostały przesłane, w sposób gwarantujący autentyczność ich pochodzenia, integralność ich treści i czytelność przez cały okres ich przechowywania. Faktury elektroniczne do archiwizacji przekazywane są po podpisaniu ich przez operatora. W trakcie dystrybucji do archiwum przekazywane są dodatkowe informacje o dostarczeniu dokumentu. 
Zarchiwizowane dokumenty przechowywane są przez okres 5 lat od końca bieżącego roku rozliczeniowego. W tym czasie udostępniane są w sposób ciągły dla Wystawców jak i Klientów.

Po upływie określonego czasu archiwizacji, dokumenty kasowane są automatycznie bądź ręcznie, po zaakceptowaniu akcji przez administratora bądź operatora.
Kontrola dokumentów przez uprawnione organy możliwa jest za pomocą Portalu transakcyjnego. Istnieje możliwość utworzenia konta, posiadającego uprawnienia organu kontrolnego. Konto to pozwalałoby na przeglądanie dokumentów wszystkich, bądź określonej grupy klientów.

Modułu do podpisywania e-faktur

Głównym problemem w przypadku składania bezpiecznego podpisu elektronicznego w dokumencie PDF jest zapewnienie zgodności z rozporządzeniem o warunkach technicznych przez aplikację do składania oraz weryfikacji podpisu. Jako aplikację do składania podpisu Spółka Madkom wykorzystuje do podpisu elektronicznego własny program pkcSigner, na który wystawił wymaganą prawem deklarację zgodności.Jako aplikację weryfikującą można wykorzystać darmowy Adobe Acrobat Reader, który od wersji 8 posiada wszystkie niezbędne funkcje konieczne do zapewnienia zgodności z rozporządzeniem.

Takie rozwiązanie zapewnia większą wygodę po stronie klienta, który otrzymuje jeden plik z wbudowanym podpisem elektronicznym, oraz faktycznie większe bezpieczeństwo, bo weryfikacja podpisu nie wymaga skorzystania z dodatkowej aplikacji. Podobną wtyczkę, tylko po stronie podpisującej, udostępniło wcześniej Ministerstwo Finansów dla projektu e-Deklaracje.